Chương trình nhằm mục tiêu cơ cấu lại nền kinh tế, đổi mới mô hình tăng trưởng, nâng cao chất lượng tăng trưởng, năng suất lao động, sức cạnh tranh của nền kinh tế giai đoạn 2016-2020, cụ thể: Tiếp tục củng cố vững chắc nền tảng kinh tế vĩ mô; kiềm soát lạm phát bình quân dưới 5%/năm; giảm dần tỷ lệ bội chi ngân sách nhà nước, đến năm 2020 xuống dưới 3,5% GDP; Quy mô nợ công hàng năm giai đoạn 2016-2020 không quá 65% GDP, nợ chính phủ không quá 54% GDP và nợ nước ngoài của quốc gia không quá 50% GDP. Đến năm 2030, nợ công không quá 60% GDP, nợ chính phủ không quá 50% GDP, nợ nước ngoài của quốc gia không quá 45% GDP.
Phấn đấu đến năm 2020 đưa tỷ lệ nợ xấu nội bảng của hệ thống các tổ chức tín dụng, nợ xấu đã bán cho Công ty quản lý tài sản của các tổ chức tín dụng Việt Nam (VAMC) và nợ xấu đã thực hiện các biện pháp phân loại nợ xuống dưới 3% (không bao gồm nợ xấu của các ngân hàng thương mại yếu kém được Chính phủ phê duyệt xử lý theo phương án riêng). Phấn đấu giảm lãi suất cho vay trung bình trong nước có tính cạnh tranh so với mức lãi suát cho vay trung bình trong nhóm ASEAN-4. Nâng cao quy mô và hiệu quả của thị trường chứng khoán, thị trường trái phiếu chính phủ, thị trường trái phiếu doanh nghiệp và thị trường bảo hiểm. Đến năm 2020, quy mô vốn hóa thị trường cổ phiếu đạt khoảng 70% GDP, dư nợ thị trường trái phiếu đạt 30% GDP, doanh thu ngành bảo hiểm đạt tối thiểu 4% GDP.
Thoái toàn bộ vốn nhà nước tại các doanh nghiệp thuộc các ngành không cần Nhà nước sở hữu trên 50% vốn, thoái vốn nhà nước xuống mức sàn quy định đối với các ngành mà Nhà nước sắp xếp, cơ cấu lại vốn đầu tư. Đến năm 2020, có ít nhất 1 triệu doanh nghiệp hoạt động; 15.000 HTX và liên hiệp HTX nông nghiệp hoạt động có hiệu quả; Nâng cao chất lượng thể chế quản lý đầu tư công đạt mức chất lượng tiếp cận 04 nước ASEAN phát triển nhất (ASEAN-4). Tỷ trọng đầu tư nhà nước khoảng 31-34% tổng đầu tư toàn xã hội.
Giai đoạn 2016-2020, hằng năm, có khoảng 30-35% doanh nghiệp có hoạt động đổi mới sáng tạo. Tốc độ tăng năng suất lao động bình quân hằng năm cao hơn 5,5%; tốc độ tăng năng suất nội ngành đóng góp hơn 60% vào tăng năng suất lao động năm 2020; Đến năm 2020, tỷ trọng lao động qua đào tạo từ 3 tháng trở lên có bằng cấp đạt khoảng 25%; tỷ trọng lao động nông nghiệp giảm xuống dưới 40%; Năng suất các nhân tố tổng hợp (TFP) đóng góp vào tăng trưởng bình quân giai đoạn 2016-2020 khoảng 30-35%; thu hẹp khoảng cách năng lực cạnh tranh quốc gia với các nước ASEAN-4.