Ông Nguyễn Hữu Độ, Giám đốc Sở GD&ĐT cho biết: đến hết tháng 8/2014, đã có 14 trường được công nhận là trường CLC. Thuận lợi khi xây dựng trường CLC là các nhà trường đầu tư cơ sở vật chất tốt, trang thiết bị đồ dùng dạy - học phát huy hiệu quả; sĩ số học sinh theo quy định nên giáo viên có thể quan tâm theo dõi học sinh đầy đủ hơn. Trường CLC được tự chủ, nên nhà trường đáp ứng được những yêu cầu, dịch vụ và nguyện vọng của cha mẹ học sinh; được cha mẹ học sinh ủng hộ, phối hợp chặt chẽ trong mọi hoạt động của nhà trường nhằm nâng cao chất lượng giáo dục. Qua đó, uy tín nhà trường được từng bước khẳng định bằng thực tế kết quả đạt được. Tuy nhiên, vẫn còn nhiều khó khăn đặt ra trong quá trình thực hiện. Đó là trường CLC được xây dựng trên cơ chế đặc thù của Luật Thủ đô nhằm tạo ra chất lượng giáo dục cao so với các tỉnh thành khác. Song, đội ngũ giáo viên mới chỉ đáp ứng đủ theo quy định, chưa thật dồi dào nên chưa tạo thành hoạt động có tính đặc thù riêng cho mỗi nhà trường.
Thêm vào đó, khó khăn nhất vẫn là cơ chế tài chính, mức thu học phí cao hơn nhiều so với trường công lập (mặc dù còn một khoảng cách rất lớn với các cơ sở giáo dục có yếu tố nước ngoài) nên chưa thu hút được nhiều học sinh theo dự kiến, làm ảnh hưởng đến khả năng tự thu chi của các trường, các hoạt động của nhà trường. Ông Nguyễn Hữu Độ cho biết, nhiều trăn trở từ cơ sở đã phản ánh với Sở GD&ĐT, với cùng mức học phí cao hơn so với mặt bằng, phụ huynh học sinh sẽ so sánh về chất lượng dịch vụ của trường công CLC và trường tư thục/trường có yếu tố nước ngoài để lựa chọn. Trong khi, tâm lý chung và thực tế chất lượng dịch vụ của trường tư thục/trường có yếu tố nước ngoài đang được đánh giá tốt hơn.
Nghị quyết 15/2013/NQ-HĐND đã tạo hành lang pháp lý về mặt tài chính để các trường hoạt động; tuy nhiên, khi áp dụng vào thực tế đã bộc lộ những tồn tại. Nếu công nhận trường CLC thì ngân sách chỉ hỗ trợ năm đầu, từ năm thứ 2 đơn vị phải tự chủ về thu chi tài chính, tự đảm bảo các hoạt động của nhà trường. Như vậy, hàng năm, các trường đều phải có lộ trình tăng học phí để từng bước tự chủ. Tuy nhiên, nếu học phí tăng cao các trường sẽ rất khó khăn trong công tác tuyển sinh điều này gây ảnh hưởng không nhỏ đến nguồn thu của nhà trường cũng như kinh phí chi trả lương và các hoạt động giáo dục chất lượng cao. Khi đơn vị được công nhận CLC, nhà nước chỉ đầu tư cơ sở vật chất ban đầu, việc sửa chữa, mua sắm bổ sung trang thiết bị trong quá trình hoạt động sẽ thuộc về trách nhiệm của đơn vị từ nguồn kinh phí khấu hao tài sản cố định, điều này sẽ gây khó khăn cho các đơn vị trong quá trình hoạt động…
Phát biểu tại buổi làm việc, Phó Chủ tịch UBND TP Hà Nội Ngô Văn Quý cho biết, để tháo gỡ những khó khăn về nguồn kinh phí của các trường CLC năm học 2015 - 2016, Thành phố đã cho phép các trường tiếp tục thực hiện cơ chế hỗ trợ ngân sách cho các đơn vị giáo dục công lập CLC năm thứ 2 thực hiện chuyển đổi và tiếp tục thực hiện hỗ trợ, đầu tư trang thiết bị cho các trường thí điểm mô hình chất lượng cao trong năm học 2015 - 2016. Những tháng tới đây, Phó Chủ tịch UBND TP Ngô Văn Quý yêu cầu Sở GD&ĐT đánh giá tổng quát việc xây dựng trường CLC, tổng kết quá trình thực hiện Nghị quyết 15/2013/NQ-HĐND để từ đó có giải pháp tháo gỡ khó khăn trước mắt về nguồn kinh phí của các trường…