Trong 5 năm qua, Sở Tài nguyên và Môi trường triển khai 2 chương trình mục tiêu quốc gia. Trong đó, Chương trình mục tiêu quốc gia ứng phó với biển đổi khí hậu, Sở đã hoàn thành các nhiệm vụ về phê duyệt kế hoạch thực hiện Chương trình mục tiêu quốc gia ứng phó với biến đổi khí hậu giai đoạn 2012-2015, trọng tâm là tuyên truyền nâng cao nhận thức, tác động và các biện pháp ứng phó với biến đổi khí hậu cho các cán bộ thuộc các ngành, lĩnh vực, địa phương và cộng đồng trên địa bàn thành phố; cập nhật Kế hoạch hành động ứng phó với biến đổi khí hậu của thành phố. Đối với Chương trình mục tiêu quốc gia khắc phục và cải thiện ô nhiễn môi trường, Sở đã hoàn thành các nội dung thực hiện điều tra, khảo sát; triển khai dự án cải thiện và phục hồi môi trường tại điểm tồn lưu hóa chất bảo vệ thực vật khu lò gạch, xã Phụng Thượng (Phúc Thọ) với tổng mức đầu tư 4 tỷ đồng; dự án Xây dựng hệ thống xử lý nước thải làng nghề cơ khí, kim khí, xã Thanh Thùy (Thanh Oai) được phê duyệt cho phép chuẩn bị đầu tư với kinh phí khoảng 30 tỷ đồng.
Để tiếp tục thực hiện hiệu quả nhiệm vụ, dự án thuộc Chương trình mục tiêu giai đoạn 2016-2020, ngoài việc thực hiện các dự án chuyển tiếp dự kiến hoàn thành năm 2016 như cải thiện và phục hồi môi trường tại điểm tồn lưu hóa chất bảo vệ thực vật khu Lò Gạch, xã Phụng Thượng (Phúc Thọ), xây dựng hệ thống xử lý nước thải làng nghề cơ khí, kim khí, xã Thanh Thùy (Thanh Oai), xây dựng hệ thống công nghệ thông tin tài nguyên môi trường giai đoạn 1, Sở Tài nguyên và Môi trường tiếp tục các dự án đề xuất bổ sung trong Chương trình mục tiêu ứng phó với biến đổi khí hậu và tăng trưởng xanh với tổng mức đầu tư khoảng 86,4 tỷ đồng, cụ thể: Chương trình đưa túi nilon tự hủy đến tay người tiêu dùng giai đoạn 2016 - 2020, dự kiến kinh phí 22,7 tỷ đồng; Chương trình xử lý giảm thiểu ô nhiễm nước tại các hồ trên địa bàn thành phố giai đoạn 2016-2020 dự kiến 42 tỷ đồng; sử dụng chế phẩm sinh học xử lý giảm thiểu ô nhiễm môi trường tại các điểm trung chuyển rác thải các huyện ngoại thành giai đoạn 2016-2020 dự kiến 21,7 tỷ đồng.