Thanh tra thành phố Hà Nội là cơ quan chuyên môn thuộc UBND Thành phố, có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng; chịu sự chỉ đạo, điều hành của Chủ tịch UBND Thành phố và sự chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra về công tác thanh tra, hướng dẫn về chuyên môn, nghiệp vụ của Thanh tra Chính phủ.
Thanh tra thành phố Hà Nội giúp UBND Thành phố quản lý nhà nước về công tác thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực; thực hiện nhiệm vụ thanh tra trong phạm vi quản lý nhà nước của UBND Thành phố; thực hiện nhiệm vụ tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, lãng phí, tiêu cực theo quy định của pháp luật.
Thanh tra thành phố Hà Nội được giao thực hiện 14 nhóm nhiệm vụ chung và 05 nhóm nhiệm vụ trong lĩnh vực thanh tra; 07 lĩnh vực tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo; 06 lĩnh vực phòng, chống tham nhũng, lãng phí, tiêu cực.
Quyết định cũng quy định rõ cơ cấu tổ chức gồm có Chánh Thanh tra và các Phó Chánh Thanh tra và 11 phòng chuyên môn: Văn phòng; Phòng Tổng hợp; Phòng Giám sát, thẩm định và xử lý sau thanh tra; Phòng Thanh tra, phòng chống tham nhũng, lãng phí, tiêu cực; Phòng Thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo lĩnh vực Đất đai (Phòng Nghiệp vụ 1); Phòng Thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo lĩnh vực Nông nghiệp và Môi trường (Phòng Nghiệp vụ 2); Phòng Thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo lĩnh vực Xây dựng (Phòng Nghiệp vụ 3); Phòng Thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo lĩnh vực Công thương và Khoa học công nghệ (Phòng Nghiệp vụ 4); Phòng Thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo lĩnh vực Nội chính (Phòng Nghiệp vụ 5); Phòng Thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo lĩnh vực Tài chính (Phòng Nghiệp vụ 6); Phòng Thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo lĩnh vực Văn xã (Phòng Nghiệp vụ 7).
Biên chế công chức của Thanh tra Thành phố được giao trên cơ sở vị trí việc làm, gắn với chức năng, nhiệm vụ, phạm vi hoạt động và nằm trong tổng biên chế công chức của Thành phố được cấp có thẩm quyền giao hoặc phê duyệt.